Försurning
Skövde kommun har förhållandevis små problem med försurning av ytvatten. Detta beror till stor del på att berggrunden innehåller kalk. Försurningspåverkade områden är Billingens platå och urbergsområden i den nordvästra delen av kommunen.
Kalkning är en av de viktigaste åtgärderna för att motverka försurningen och återskapa eller bibehålla förutsättningarna för liv i sjöar och vattendrag. Hållsdammen, Simsjön och Vristulven kalkas regelbundet och några andra sjöar som till exempel Bjursjöarna är känsliga för försurning.
Övergödning
Alltför stora utsläpp av kväve och fosfor leder till att många sjöar och vattendrag blir övergödda. De höga näringshalterna leder till igenväxning och syrebrist. Kvävet kommer framförallt från jordbruket och de kommunala avloppsreningsverken, men skogsmarker bidrar också med stora mängder. Fosfor kommer från flera källor, främst åkermark samt enskilda avlopp, skogsmark och mjölkrum.
Sjöar
Östen och Havstenasjön har problem med mycket höga fosforhalter medan höga kvävehalter orsakar problem i Östen, Aspösjön och Klagstorpssjön.
Vattendrag
Kväve- och fosforhalterna i Ösan är mycket höga, men de totala fosfortransporterna i Tidan har minskat sedan början av 1980-talet. En förbättrad kväverening infördes 2001 vid Skövde reningsverk och detta har minskat utsläppet av ammoniumkväve radikalt. Detta är mycket positivt eftersom ammonium är både kraftigt syreförbrukande och giftigt.